在单位犯罪的认定方面，《纪要》明确了环境污染单位犯罪的具体情形，区分“直接负责的主管人员”和“其他直接责任人员”。重点打击出资者、经营者和主要获利者。 

在犯罪未遂的认定方面，《纪要》明确，对于行为人已经着手实施非法排放、倾倒、处置有毒有害污染物的行为，由于有关部门查处或者其他意志以外的原因未得逞的情形，可以污染环境罪（未遂）追究刑事责任。 

在主观过错的认定方面，《纪要》明确，应当依据犯罪嫌疑人、被告人的任职情况、职业经历、专业背景、培训经历以及污染物种类、污染方式、资金流向等证据，进行综合分析判断。 

在生态环境损害标准的认定方面，《纪要》明确，在生态环境损害赔偿制度试行阶段，全国各省（自治区、直辖市）可以结合本地实际情况，根据案件具体情况准确认定生态环境损害标准。 

在非法经营罪的适用方面，《纪要》要求坚持实质判断原则和综合判断原则，全链条、全环节、全流程对非法排放、倾倒、处置、经营危险废物的产业链进行刑事打击，查清犯罪网络，深挖犯罪源头，斩断利益链条。 

在投放危险物质罪的适用方面，《纪要》明确，对于行为人明知其排放、倾倒、处置的污染物含有危险物质，仍实施环境污染行为放任其危害公共安全，造成严重后果，以污染环境罪论处明显不足以罚当其罪的，可以按投放危险物质罪定罪量刑。 

在涉大气污染环境行为的处理方面，《纪要》明确，对重污染天气预警期间，违反国家规定，超标排放二氧化硫、氮氧化物，受过行政处罚后又实施上述行为或者具有其他严重情节的，依法追究刑事责任。 

在非法排放、倾倒、处置行为的认定方面，《纪要》明确，应当根据法律和司法解释的有关规定精神，从其行为方式是否违反国家规定或者行业操作规范、污染物是否与外环境接触、是否造成环境污染的危险或者危害等方面进行综合分析判断。 

在有害物质的认定方面，《纪要》明确，应当坚持主客观相一致原则，从行为人的主观恶性、污染行为恶劣程度、有害物质危险性毒害性等方面进行综合分析判断，准确认定非法排放、倾倒、处置其他有害物质行为的社会危害性。 

在从重处罚情形的认定方面，《纪要》规定，长江经济带十一省（直辖市）环境污染犯罪可以从重处罚的具体情形。 

此外，《纪要》还明确了适用不起诉、缓刑、免予刑事处罚的除外情形，跨区域环境污染案件的管辖问题，危险废物的认定问题，办理环境污染刑事案件中的司法鉴定有关问题以及监测数据的证据资格问题。